I. Giai đoạn thứ nhất: từ 15/10/1991 đến 23/3/1993 :

 Ngày 15/10/1991, Công ty Hoa tiêu khu vực II đư­ợc thành lập trên cơ sở các Ty hoa tiêu Cảng Hải Phòng, Cảng Quảng Ninh, Cảng Cẩm Phả theo Quyết định số 376 QĐ/TCCB của Tổng Giám đốc Liên hiệp Hàng hải Việt Nam nay là Cục Hàng hải Việt Nam với ngành nghề SXKD của Công ty là là dẫn dắt tầu thuyền ra vào các cảng thuộc vùng nước cảng biển các khu vực Hải phòng, Quảng Ninh với 02 đơn vị thành phần là Hoa tiêu Hòn Gai và Hoa tiêu Cẩm Phả.

 Cuối năm 1994, hai đơn vị thành phần là Hoa tiêu Hòn Gai và Hoa tiêu Cẩm Phả tách ra thành lập Công ty hoa tiêu khu vực III.

1. Về  cơ sở vật chất kỹ thuật ban đầu:

- Trụ sở điều hành chật chội với ngôi nhà lán trại phục vụ xây dựng cảng Hải Phòng tại bãi 6 - Cảng Hải phòng với diện tích sử dụng sau khi cải tạo nâng cấp được 210m ² sử dụng trên mặt bằng 500m ².

- Phương tiện đi lại: 04 tầu hoa tiêu quá cũ nát thường xuyên
 hư hỏng, với 01 ô tô Uwat.

2. Vốn kinh doanh gần như bằng 0.

3. Lao động: khi mới thành lập có 58 người nay với đội ngũ lao động chủ chốt hoa tiêu hàng hải là 07 hoa tiêu chính (kể cả đ/c giám đốc).

- Thu nhập của người lao động bình quân 305.000,đ/người

II. Giai đoạn thứ hai: từ 23/3/1993 đến 30/12/1997:

Ngày 23/3/1993, Công ty đư­ợc thành lập lại theo Quyết định số 464/QĐ/TCCB-LĐ của Bộ trưởng Bộ GTVT thành lập Doanh nghiệp Nhà nước - Công ty hoa tiêu khu vực II. Doanh nghiệp là tổ chức SXKD, hạch toán kinh tế độc lập, có tư cách pháp nhân đầy đủ, được mở tài khoản tại ngân hàng, được sử dụng con dấu.

Ngày 13/7/1993, Trạm hoa tiêu Đồ sơn thuộc Công ty hoa tiêu khu vực II được thành lập theo Quyết định số 385/TCCB-LĐ của Cục trưởng Cục HHVN.

1. Về  cơ sở vật chất kỹ thuật ban đầu:

 - Trụ sở điều hành, các phương tiện đưa đón thuỷ được sửa chữa, nâng cấp, đặc biệt Trạm hoa tiêu Đồ Sơn được đầu tư xây dựng tại khu II, Đồ sơn là một bước thay đổi đáng kể hoạt động sản xuất Công ty, việc đưa đón Hoa tiêu bằng phương tiện thuỷ được cải thiện đáng kể, hiệu quả hoạt động SXKD được nâng lên.

- Điều kiện lao động được chú ý đúng mức:

Phương tiện thiết bị thường xuyên được đưa vào sửa chữa đúng chu kỳ, thiết bị an toàn được trang bị số lượng chất lượng bảo đảm.

Người lao động được trang bị đầy đủ phòng hộ lao động cá nhân cũng như trong phục vụ công tác.

2. Vồn kinh doanh là 1.167 triệu đồng.

3. Về việc làm và thu nhập của người lao động:

- Lực lượng lao động là 92 người trong đó 16 hoa tiêu chính gồm 06 hoa tiêu ngoại hạng, 01 hoa tiêu hạng 1, 05 hoa tiêu hạng 2, 04 hoa tiêu hạng 3 và 08 tập nghề. 100% số lao động đủ việc làm. Người lao động có mặt tại Công ty đều được bố trí học tập nâng cao trình độ chuyên môn, số lao động bổ sung đều được xét tuyển theo tiêu chuẩn nghiệp vụ từng chức danh công việc chuyên môn.

4. Về chất lượng phục vụ.

- Từ thời kỳ đầu trong một ngày chỉ có một chuyến tầu hoa tiêu đi phao 0 đưa, đón  hoa tiêu dẫn tầu khoảng 7 giờ một ngày nay gần như phục vụ 24/24 giờ hàng ngày.

- Đối tượng phục vụ đa dạng từ chỗ chỉ có một cơ quan đại lý hàng hải ra tới trên 30 đầu mối lớn nhỏ song chúng ta vẫn bố trí lao động, phương tiện phục vụ đáp ứng kịp thời đầy đủ các yêu cầu. Chất lượng phục vụ ngày một nâng cao.

5. Phối kết hợp với các cơ quan hữu quan.

Công ty đặc biệt quan tâm tới xây dựng và cải thiện mối quan hệ với các cơ quan: chủ tầu, đại lý hàng hải, cảng vụ Hải Phòng, các cơ quan chủ cảng.

Đặc biệt là sự phối kết hợp giữa Công ty với cảng vụ Hải Phòng, Bảo đảm ATHHVN tổ chức khai thác có hiệu quả độ sâu luồng vào cảng Hải Phòng. Tới thời điểm hiện nay Công ty bảo đảm việc khai thác độ sâu luồng theo thiết kế - 3,9m đạt tới 10/12 tháng một năm.

6. Về công tác quản lý.

Việc chỉ đạo, điều hành hoạt động ban đầu theo sự hiểu biết của từng người manh mún tới nay Công ty đầu tư xây dựng một hệ thống nội qui, qui chế đặc biệt là các qui chế mỗi khi ban hành đều tổ chức cho mọi người thảo luận đóng góp ý kiến, tổ chức thực hiện hết sức vô tư khách quan.

III. Giai đoạn thứ ba: từ 30/12/1997 đến 25/6/2010:

 Ngày 30/12/1997, Công ty được thành lập lại theo Quyết định số 5147/1997/QĐ/TCCB-LĐ của Bộ tr­ưởng Bộ GTVT chuyển Doanh nghiệp Nhà nước Công ty hoa tiêu khu vực II thành Doanh nghiệp Nhà nước hoạt động công ích Công ty hoa tiêu khu vực II.

Với nhiệm vụ chủ yếu của Công ty là cung ứng dịch vụ công ích -  dịch vụ hoa tiêu hàng hải dẫn dắt tầu biển trong n­ước và n­ước ngoài trong vùng n­ước trách nhiệm  được giao. Vùng hoạt động của Công ty được thay đổi qua nhiều năm:

- Từ tháng 12 năm 1997 đến tháng 3 năm 2000: Hải phòng, Quảng Ninh.

- Từ tháng 3 năm 2000 đến 2001 ; Hải phòng, Thanh hóa;

- Từ 2001 đến tháng 6 năm 2008: Hải phòng, Thanh hóa, Nghệ an, Hà tĩnh, Quảng bình;

- Từ tháng 7/2008 đến 25/6/2010: Hải phòng, Thái bình, Nam định.

Cơ sở vật chất giai đoạn này được Công ty quan tâm và đầu tư, cụ thể:

Tháng 12/1998, Công ty chuyển Trụ sở làm việc ra vị trí mới: số 4, đường Lê Thánh Tông, Ngô Quyền, Hải Phòng với diện tích mặt bằng trên 1000 m² , diện tích sử dụng là     m² , điều kiện làm việc được thay đổi đáng kể.

Tháng  /2000, canô PB10 được đưa vào hoạt động

Tháng  /2003, tàu Hồng Long 1 được đưa vào hoạt động

Tháng  /2005, tàu Hồng Long 2 được đưa vào hoạt động

đã dần thay thế thế hệ tàu đưa đón Hoa tiêu vỏ thép cũ kỹ, lạc hậu và từng bước nâng cao chất lượng cung ứng dịch vụ Hoa tiêu hàng hải của Công ty lên một bước đáng kể.

- Việc thực hiện các chỉ tiêu kế hoạch hàng năm đều đạt và vượt mức, năm sau tăng hơn năm tr­ước từ  10 - 15%.

- Bảo toàn và phát triển nguồn vốn.

- Hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ với Nhà n­ước và địa ph­ương.

Năm 2010, trong điều kiện cơ sở hạ tầng cảng biển khu vực Hải phòng và lân cận đã và đang rơi vào tình trạng quá tải,­ độ sâu luồng lạch sụt giảm nghiêm trọng, trật tự an toàn hàng hải trong khu vực ngày càng phức tạp, CBCNLĐ Công ty vẫn đáp ứng đư­ợc yêu cầu cung ứng dịch vụ hoa tiêu hàng hải của khách hàng. Năm 2010 là năm Công ty đạt các chỉ tiêu kế hoạch cao nhất từ khi thành lập:

+ Số lượt tầu cấp dịch vụ HTHH là 11.332 lư­ợt tàu gấp hơn 10 lần so với năm 1992 và vượt 16% kế hoạch;

+ Sản lượng đạt 1.526 triệu GTHL bằng 110% kế hoạch;

+ Doanh thu đạt hơn 60 tỷ đồng bằng 111% kế hoạch;

+ Nộp ngân sách đạt 4.748 triệu đồng bằng 140% kế hoạch.

IV. Giai đoạn thứ tư: từ 25/6/2010 đến nay:

Ngày 25/6/2010, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải ban hành Quyết định số 1776/QĐ-BGTVT về việc chuyển Công ty Hoa tiêu khu vực II thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên.

Ngày 20/8/2010, Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam ban hành Quyết định số 698/QĐ-CHHVN về việc giao giữ chức Quyền Chủ tịch kiêm Giám đốc Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải khu vực II cho đ/c Đỗ Hữu Cầu.

 Ngày 30/11/2010, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải ban hành Quyết định số 3438/QĐ-BGTVT về việc phê duyệt Điều lệ tạm thời tổ chức và hoạt động Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Hoa tiêu hàng hải khu vực II.

Ngày 08/12/2010, Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hải phòng cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên cho Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải khu vực II, mã số doanh nghiệp: 0200129956.

Ngày 15/12/2010, Công ty tổ chức Hội nghị triển khai Phương án chuyển đổi Công ty Hoa tiêu khu vực II thành Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải khu vực II  được Bộ Giao thông Vận tải thẩm định ngày 10/6/2010.

Ngày 16/02/2011, Cục trưởng Cục Hàng hải Việt nam ban hành Quyết định số 186/QĐ-CHHVN về việc bổ nhiệm ông Mai Xuân Thắng giữ chức Chủ tịch kiêm Giám đốc Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải khu vực II.

- Về tài chính:

+ Thực hiện Thông tư 79/2010/TT-BTC ngày 24/05/2010 về việc hướng dẫn xử lý tài chính khi chuyển đổi công ty nhà nước thành công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên, Công ty đã tổ chức kiểm kê phân loại, xác định vốn, tài sản của doanh nghiệp tại thời điểm 31/12/2009 và gửi báo cáo theo quy định.

+ Trong quá trình chuyển đổi không phát sinh các chi phí thực hiện chuyển đổi.

+ Theo quy định thì công ty phải lập báo cáo tài chính tại thời điểm chính thức chuyển đổi của công ty là thời điểm công ty được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (ngày 08/12/2010). Nhưng do không có sự biến động đáng kể về tài sản và nguồn vốn từ  08/12/2010 đến 31/12/2010, và để giảm thiểu chi phí chuyển đổi nên công ty đã lập báo cáo tài chính tại thời điểm 31/12/2010 (đã được kiểm toán theo quy định) gửi các cấp có thẩm quyền theo đúng kỳ kế toán.

Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải khu vực II chính thức hoạt động kể từ ngày 08 tháng 12 năm 2010.

Hiện tại Đảng Bộ Công ty là Đảng bộ cơ sở trực thuộc Quận ủy Ngô Quyền, đảng bộ có 43 đảng viên. Đại Hội Đảng bộ khoá VI, nhiệm kỳ 2010 - 2015 tổ chức vào tháng 5 năm 2010 đã bầu BCH gồm 9 đồng chí, đồng chí Mai Xuân Thắng là Bí thư .